Hver gang kirken har opnået verdslig magt, har den benyttet denne til at straffe dem, der ikke troede på dens læresætninger. De protestantiske kirker, som har fulgt romerkirkens eksempel ved at slutte forbund med verdslige magter, har derved røbet et lignende ønske om at indskrænke trosfriheden. Et eksempel på dette finder vi i den engelske statskirkes langvarige forfølgelse af anderledes tænkende. I det sekstende og syttende århundrede blev tusinder af præster, som havde afvigende meninger, tvunget til at forlade deres kirker, og mange - både gejstlige og lægfolk - blev idømt bøder eller fængsel. Adskillige blev først pint og led derpå martyrdøden.