Da han kom tilbage til Danmark, begav han sig til klosteret. Der var endnu ingen, som mistænkte ham for, at han hyldede lutheranismen. Han aabenbarede ikke sin hemmelighed, men forsøgte uden at vække sine kammeraters fordom at lede dem til et helligere liv og en renere tro. Han aabnede bibelen og forklarede dens sande mening, og tilsidst prædikede han aabent Kristus for dem og fremholdt han som synderes retfærdighed og deres eneste haab om frelse. Priorens vrede var stor, thi han havde næret et stærkt haab om, at Tausen skulde blive en modig forsvarer for Rom. Man flyttede ham strak fra hans eget kloster til et andet, og han blev indesluttet i sin celle under strengt opsyn.