Der blevet vældigt røre i Prag. Et stort antal af byens indbyggere gav Hus skylden for alle deres ulykker og krævede, at han blev udleveret til Roms hævn. For at få uvejret til at lægge sig trak reformatoren sig for en tid tilbage til sin fødeby. Han skrev til sine venner, som blev tilbage i Prag: "Når jeg har trukket mig tilbage fra jer, er det for at følge Jesu Kristi befaling og eksempel, således at ildesindede mennesker ikke skal få anledning til at pådrage sig evig fordømmelse og for ikke at bringe trængsel og forfølgelse over de fromme. Jeg har også trukket mig tilbage af frygt for, at ugudelige præster i længere tid skulle forbyde, at Guds ord forkyndes iblandt jer; men jeg har ikke forladt jer for at fornægte den guddommelige sandhed, for hvilken jeg om det er Guds vilje er villig til at dø." - Bonnechose: The Reformers Before the Reformation, vol.l, p. 87. Hus afbrød ikke sit arbejde, men rejste rundt i omegnen og prædikede for interesserede skarer. De forholdsregler, som paven greb til for at bekæmpe evangeliet, blev således et middel til dets videre udbredelse. "For vi formår ikke noget mod sandheden, kun for sandheden." 2. Kor. 13,8.