Han var "den lærdeste af Frankrigs adelsmænd," og hans geni og veltalenhed, hans ukuelige mod og heltemodige nidkærhed og hans indflydelse ved hoffet - han var en af kongens yndlinge - forårsagede, at mange betragtede ham som den, der var forudset til at være Frankrigs reformator. Beza udtalte: "Berquin ville være blevet en anden Luther, hvis han i Frans I havde fundet en anden kurfyrste." "Han er værre end Luther!" råbte katolikkerne. - Samme b. 13, ch. 9. Han var i hvert fald mere frygtet af Frankrigs katolikker. De Reformationen i Frankrig kastede ham i fængsel og beskyldte ham for at være kætter, men han blev befriet uf kongen. Kampen fortsatte i flere år. Frans, som vaklede mellem romerkirken og reformationen, skiftevis fandt sig I og bekæmpede munkenes heftige nidkærhed. Berquin blev tre gange fængslet af de gejstlige myndigheder, men han blev hver gang befriet af kongen, som beundrede hans geni og hans ædle karakter og derfor ikke ville lade ham blive et offer for de gejstliges ondskab.