Men under de efterfølgende forfærdelige år, blev alt dette forandrede. Fremmede soldater, brutalitet og blodsudgydelse, fejede hen over landet, satte deres spor med plyndringer, brand og mord. Den største tænkelige rædsel var så almindelig at det var undtagelsen når de ikke gjorde udåd. Når tropperne nærmede sig, søgte rædselslagne folk sikkerhed i flugten. ”De trængte ind på skovens mørkeste stier, de gravede sig ned i de forblæste heder; de skjulte sig i gamle lergarve og i faldne murmasser; og i dag viser en del af disse folk deres tilholdssteder, hvor deres stakkels forfædre søgte tilflugt fra soldaternes raseri.” Krigen sluttede til protestanternes sejr; og de religiøse tolerance blev vundet, som de har nydt lige siden. Men den lange og frygtelige strid havde dækket en hel generation. Da freden endelig blev erklæret, var hele landet blevet til en grav. Stæder, byer og landsbyer var i flammer. Ladet var mennesketomt; hovedvejene uden rejsende, og tjørn og tissel dækkede den engang så rigt opdyrkede mark. I nogle dele var der ikke mere end en halvtredsindstyvende del af befolkningen tilbage, og der var regioner tilbage uden beboere.