Men omendskjønt hans virksomhed i begyndelsen blev modtaget med stor henrykkelse, saa fandt han dog modstand efter nogen tid. Munkene anstrengte sig for at hindre hans arbejde og fordømme hans lære. Mange haanede og spottede ham aabenbart, og andre greb til trusler og fornærmelser, Men Zwingli taalte dette med kristelig taalmodighed, idet han sagde: "Dersom vi skal vinde sjæle for Kristus, saa maa vi lære at lukke øjnene til for saa mange ting, som møder os paa vejen."