Den sjæleangst, som Luther for længe siden havde følt i Erfurt, knugede ham nu med fordoblet magt, da han så, at reformationen blev anklaget for følgerne af denne hykleriske indstilling. De katolske fyrster erklærede, at opstanden var den naturlige følge af Luthers lære, og mange var parat til at sætte lid til erklæringen. Skønt denne anklage savnede ethvert grundlag, måtte den nødvendigvis volde reformatoren stor sorg. At sandhedens sag således skulle vanæres ved at ligestilles med den laveste fanatisme, syntes mere, end han kunne bære. På den anden side hadede opstandens ledere Luther, fordi han ikke blot havde modsat sig deres lære og benægtet deres hævdelse af guddommelig inspiration, men han havde erklæret dem for oprørere mod de borgerlige myndigheder. Som hævn erklærede de ham for en ussel hykler. Det var, som han havde pådraget sig både fyrsternes og folkets fjendskab.