Calvin var stadig i Paris og forberedte sig ved studier, meditation og bøn til sit fremtidige arbejde; han fortsatte med at udbrede lyset. Til sidst blev mistanken imidlertid rettet mod ham. Myndighederne besluttede, at han skulle omkomme i flammerne. Han havde følt sig sikker i sin afsondrethed og havde ikke tænkt på nogen fare, da nogle venner i hast opsøgte ham for at meddele, at nogle officerer var på vej for at arrestere ham. I samme øjeblik blev der dundret på gadedøren. Der var ingen tid at spilde. Nogle af hans venner opholdt officererne foran døren, mens andre hjalp reformatoren med at fire sig ned fra vinduet. Derefter skyndte han sig til byens udkant. Han fandt ly i en hytte, som tilhørte en arbejder, som var en ven af reformationen, og der forklædte han sig i arbejderens tøj, hvorefter han med en hakke på skulderen begav sig bort. Han drog mod syd og fandt atter ly i Marguerites lande. Se D'Aubignè: History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, b. 2, ch. 30.