Farel så Guds hånd i dette besøg. Skønt Geneve havde antaget den reformerte tro, var der endnu meget at udrette i byen. Det er ikke som samfund, men som enkeltpersoner, mennesker omvendes til Gud. Det genfødende arbejde må udføres i hjerte og samvittighed ved Helligåndens kraft ikke ved rådsforsamlingers afgørelser. Geneves indbyggere havde ganske vist forkastet romerkirkens myndighed, men de var ikke lige så villige til at give afkald på de laster, som havde floreret under romerkirkens regime. At indføre evangeliets rene principper og forberede folk til værdigt at indtage den plads, som forsynet syntes at have beredt dem var ikke nogen nem opgave.