Og nu var selve Wittenberg, det egentlige midtpunkt for reformationen, ved hurtigt at ligge under for fanatismens og lovløshedens magt. Denne frygtelige tilstand var ikke frugten af Luthers lære; men i hele Tyskland gav hans fjender ham skylden for den. I sit hjertes bitterhed spurgte han undertiden: "Kan reformationens store værk da virkelig ende på denne måde?" - Samme, b. 9, ch. 7. Men når han så havde kæmpet med Gud i bøn, strømmede freden atter ind i hans hjerte. "Denne gerning er ikke min, men din egen." sagde han, "du vil ikke tillade, at den fordærves af overtro eller fanatisme." Men tanken om længere at holde sig uden for kampen i en sådan krise situation blev ham uudholdelig. Han besluttede at vende tilbage til Wittenberg.