Protesten i Speyer og den augsburgske trosbekendelse, som markerede reformationens sejr i Tyskland, efterfulgtes af år, som var præget af strid og mørke. Protestantismen, der var svækket af uenighed mellem tilhængerne, og som blev angrebet af stærke fjender, syntes forud bestemt til at blive fuldstændig tilintetgjort. Tusinder beseglede deres vidnesbyrd med deres blod. Der udbrød borgerkrig; den protestantiske sag blev forrådt af en af dens ledende tilhængere; de ædleste af de reformerte fyrster faldt i kejserens hænder og blev dræbt som fanger fra by til by. Men i det øjeblik, da det så ud som om kejseren havde sejret, led han nederlag. Han så byttet blive vristet ud af sin hånd, og han var omsider tvunget til at tolerere de lærdomme, som det havde været hans livs mål at tilintetgøre. Han havde sat sit rige, sine skatkamre og sit liv ind på at knuse kætteriet. Nu så han sine hære hærgede af kamp, sine skatkamre tømte og sine mange riger truet af oprør, mens den tro, som han forgæves havde forsøgt at udrydde, udbredtes mere og mere. Karl V havde kæmpet mod en almægtig kraft. Gud havde sagt: "Der blive lys!" Men kejseren havde holdt fast på mørket. Hans hensigter var ikke lykkedes, og alt for tidlig ældet og udslidt af den lange kamp fraskrev han sig tronen og gik i kloster.