Faren voksede, men Berquins nidkærhed voksede samtidig. I stedet for at følge Erasmus' snedige og forsigtige råd besluttede han at optræde med endnu større dristighed. Han ville ikke blot forsvare sandheden, men angribe vildfarelserne. Den beskyldning for kætteri, som katolikkerne rettede mod ham, ville han rette mod dem. De mest aktive og mest forbitrede af hans modstandere var de lærde doktorer og munke ved Paris' universitets teologiske fakultet, en af de højeste gejstlige myndigheder, i både byen og nationen. Fra disse doktorers skrifter valgte han 12 læresætninger, som han offentligt erklærede for at være "i modstrid med Bibelen og kætterske;" og han bad kongen være dommer i striden.