Men i hans sind var der blevet vakt tanker, som han ikke kunne fordrive. Når han sad alene i sit kammer, tænkte han på sin slægtnings ord. Han følte sig mere og mere som en synder og så sig selv, uden nogen forsvarer, stå foran en hellig og retfærdig dommer. Helgenernes forbønner, gode gerninger og kirkens ceremonier kunne ikke sone nogen synd. Han kunne ikke se andet for sig end evig fortvivlelse og mørke. Kirkens doktorer forsøgte forgæves at lindre hans kvaler. Forgæves gik han til skrifte og gjorde bodsøvelser, men det forsonede ikke hans hjerte med Gud.