Farel begyndte sit arbejde i Schweiz i en skolelærers enkle klædedragt. Han søgte tilflugt i et afsidesliggende sogn, hvor han viede sin tid til at undervise børn. Foruden at undervise dem i de sædvanlige fag, lærte han dem forsigtigt nogle af Bibelens sandheder, idet han håbede at få forældrene i tale gennem børnene. Nogle troede på hans forkyndelse, men præsterne besluttede at sætte en stopper for hans arbejde, og den overtroiske landbefolkning blev af præsterne lokket til at blive hans modstandere. "Det kan ikke være Kristi evangelium," sagde præsterne, "for dets forkyndelse bringer ikke fred, men krig." - Wylie, b. 14, ch. 3. Ligesom de første disciple flygtede han for forfølgelsen fra by til by. Han drog fra landsby til landsby og fra stad til stad; han gik på sine ben, led sult, kulde og træthed og var til stadighed i livsfare. Han prædikede på markederne, i kirkerne og somme tider fra domkirkernes prædikestole. Undertiden fandt han kirken tom, og til andre tider blev hans forkyndelse afbrudt af råb og spotteord. Han blev flere gange med magt revet ned fra prædikestolen. Mere end en gang blev han overfaldet af pøbelen og pryglet næsten ihjel. Men han gav ikke op. Skønt han ofte blev drevet tilbage, fornyede han sine angreb med utrættelig energi, og han oplevede, at store og små byer, som havde været stærkt katolsk, åbnede deres porte for evangeliet. Det varede ikke længe, før det lille sogn, hvor han arbejdede til at begynde med, antog den reformerte tro. Byerne Morat og Neuchåtel gav også slip på de romersk katolske ritualer og fjernede afgudsbillederne fra deres kirker.