Farel havde længe ønsket at plante den protestantiske fane i Geneve. Hvis han kunne vinde denne by, ville den blive et centrum for reformationen i Frankrig, Schweiz og Italien. Med denne tanke for øje havde han fortsat sit arbejde, indtil mange af de nærliggende byer og landsbyer var blevet erobret. Så drog han ind i Geneve, kun ledsaget af en ven. Men han fik kun lov til at holde to prædikener. Præsterne, som forgæves havde forsøgt at få de civile myndigheder til at udvise ham, indkaldte ham for et gejstligt råd. Selv indfandt de sig med våben skjult under præstekjolerne, for de var fast besluttet på at dræbe ham. Udenfor havde en rasende folkemængde samlet sig; de var bevæbnet med køller og sværd og var fast besluttet på at slå ham ihjel, hvis det lykkedes ham at slippe fri fra rådet. Men nogle civile embedsmænd og en deling soldaters tilstedeværelse reddede ham. Tidligt næste morgen blev han og hans ledsager sejlet til et sikkert sted på den anden side af søen. Således endte hans første forsøg på at evangelisere Geneve.