For at give dem større magt blev der udstedt en bulle, som genindførte inkvisitionen. Til trods for den almindelige afsky, hvormed denne frygtelige domstol betragtedes selv i katolske lande, blev den genoprettet af de katolske ledere, og grusomheder, som var for skrækkelige til at tåle dagens lys, blev begået i hemmelige fangekældre. I mange lande blev tusinder af nationens bedste mænd, de reneste og ædleste, de klogeste og bedst uddannede, fromme og nidkære præster, flittige og patriotiske borgere, fremragende videnskabsmænd, talentfulde kunstnere og dygtige håndværkere slået ihjel eller tvunget til at flygte bort til andre lande.