Da han blev stillet ansigt til ansigt med dronningen af Skotland, over for hvem mange af de protestantiske lederes mod havde svigtet, aflagde John Knox uden vaklen et vidnesbyrd om sandheden. Han lod sig ikke vinde ved venlighed, han lod sig ikke skræmme af trusler. Dronningen anklagede ham for kætteri. Hun erklærede, at han havde lært folket at antage en religion, som staten havde forbudt, og derved overtrådt Guds befaling, som pålagde undersåtter at adlyde deres fyrster. Knox svarede uden at betænke sig: "Da den rette religion hverken fik sin oprindelige styrke eller myndighed fra denne verdens fyrster, men kun fra den evige Gud, så er undersåtter ikke forpligtede til at indrette deres gudsdyrkelse efter fyrsternes smag. Så ofte hænder det, at fyrster er de mest uvidende af alle med hensyn til Guds sande religion. ... Hvis alle Abrahams efterkommere havde antaget faraos religion, fordi de længe havde været hans undersåtter, så gad jeg nok vide, høje frue, hvilken religion der ville have været i verden? Eller hvis alle mennesker i apostlenes dage havde antaget de romerske kejseres religion, hvilken religion ville der så have været på denne jord. ... Og deraf kan I se, høje frue, at undersåtter ikke er bundet til deres fyrsters religion, skønt det er dem befalet at vise dem lydighed." Mary svarede: "I fortolker Skriften på den ene måde, og de andre (de romersk-katolske lærere) fortolker den på en anden måde. Hvem skal jeg tro, og hvem skal kunne dømme om hvad som er ret?" "I skal tro Gud, som taler tydeligt i sit ord," svarede reformatoren, "og ud over hvad ordet lærer jer, skal I hverken tro den ene eller den anden. Guds ord taler tydeligt for sig selv; og hvis det nogle steder skulle synes dunkelt, vil den hellige Ånd, som aldrig modsiger sig selv, andre steder forklare det samme mere klart, så der ikke kan herske nogen tvivl, undtagen for dem, som absolut vil vedblive med at være uvidende." - David Laing: The Colleced Works of John Knox, vol. 2, pp. 281.284.