Dog var det ikke uden hård kamp med sig selv, at Luther besluttede sig til den endelige adskillelse fra kirken. Det var ved denne tid, at han skrev: "For hver dag føler jeg mere og mere, hvor vanskeligt det er at lægge de forestillinger til side, som man har indsuget i sin barndom. O, hvor har det voldt mig meget smerte, skønt jeg havde Skriften på min side, at retfærdiggøre for mig selv, at jeg skulle vove træde op imod paven og omtale ham som antikrist! Hvilke lidelser har mit hjerte ikke gennemgået! Hvor mange gange har jeg ikke med bitterhed stillet mig selv dette spørgsmål, som så ofte lød fra katolikkerne s læber: "Er du alene klog? Er det muligt, at alle andre tager fejl? Hvordan vil det gå, hvis det, når alt kommer til alt, er dig, der har uret, og som drager så mange mennesker med dig i din vildfarelse, så de vil blive evigt fordømt?" Det var således, at jeg kæmpede med mig selv og med Satan, indtil Kristus ved sit eget ufejlbarlige ord styrkede mit hjerte mod disse tvivlstanker." - Martyn, pp. 372-373.