Disputationen blev holdt i Baden, men Zwingli var ikke tilstede. Zürichs rådsforsamling, som havde mistanke om katolikkernes planer og var blevet advaret af de kætterbål, hvorpå mange reformerte var blevet brændt i de katolske kantoner, forbød Zwingli at udsætte sig for så stor en risiko. I Zürich kunne han møde alle de deputerede, kirken ville sende, men at tage til Baden, hvor der for ganske nylig var udgydt martyrblod, ville være ensbetydende med den visse død. Oecolampadius og Haller blev udset til at repræsentere de reformerte, mens den berømte teolog von Eck, som yderligere skulle have støtte af en hærskare af lærde doktorer og prælater, skulle repræsentere romerkirken.