Drengen adlød, men han blev hurtigt ked af at være hjemme, og efter nogen tids forløb genoptog han sine studier i Basel. Her hørte han for første gang evangeliet om Guds frie nåde. Thomas Wyttenbach, som underviste i de klassiske sprog, havde fattet stor interesse for den hellige skrift, mens han studerede græsk og hebraisk, og han var skyld i, at stråler af guddommeligt lys trængte ind i de studerendes sind og hjerte. Han hævdede, at der fandtes en sandhed, som var ældre og langt mere værdifuld end de teorier, som skolastikkerne og filosofferne lærte. Den gamle sandhed gik ud på, at Kristi død er synderens eneste håb om frelse. For Zwingli var disse ord ligesom den første lysstråle, der forkynder daggryet.