Den sjælekval, som Luther saa længe forud havde følt i sin celle i Erfurt nedtrykte ham nu med dobbelt styrke, da han saa, at følgen af dette sværmeri blev overført paa reformationen. De pavelige fyrster erklærede, og mange troede, at Luthers lære havde været aarsag til oprøret. Omendskjønt denne beskyldning var uden den mindste grund, saa kunde det dog ikke andet end foraarsage reformationen stor smerte. At himlens værk skulde fornedres, at man satte det i klasse med det laveste sværmeri, syntes at være mere end han kunde udholde. Paa den anden side hadede lederne i dette oprør Luther, fordi han ikke blot offentlig havde forkastet deres lære og paastand om guddommelig inspiration, men endog havde kaldt dem oprørere mod den verdslige øvrighed. Til gjengæld fordømte de ham som en lav hykler. Det syntes nu, som om han havde paaført sig baade fyrsternes og folks fiendskab.