Protesten i Speier og konsessionen i Augsburg, som udmærkede reformationens Triumf, efterfulgtes af flere aars kamp og mørke. Svækket ved splittelser blandt dem, som understøttede den, og angreben af mægtige fiender, syntes den at være bestemt til fuldstændig ødelæggelse. Der udbrød borgerkrig. Protestantismens sag blev forraadt af en af dens ledere. De ædleste bland de reformerte fyrster faldt i kejserens hænder og blev slæbte som fanger fra by til by. Men i det øjeblik, da kejseren tilsyneladende triumferede, led han et stort nederlag. Han saa, at byttet blev revet ud af hans hænder, og han blev tilsidst tvungen til at taale de lærdomme, som det havde været hans livsopgave at udrydde. Han havde vovet sit rige, sine skatte ja endog sit liv for at tilintetgjøre dette kjætteri; men han fandt at hans armé blev ødelagt i krig, hans finanser udtømte og hans mange riger truede med oprør, medens den tro, som han overalt havde forsøgt at undertrykke, udbredte sig mere og mere. Karl V havde stridt imod den Almægtige. Gud havde sagt: "Der vorde lys", men kejseren havde forsøgt at bevare mørket uforstyrret. Hans paner var mislykkede, og da han blev gammel før tiden, udmattet af den lange kamp, frasagde han sig tronen og begrov sig selv i et kloster.