Men reformatorens værk var endnu ikke endt. Der var mange endnu mange aar fulde af møje og opofrelse for ham. Baalet blev berøvet sit bytte. Den nye tro havde allerede fundet mange tilhængere, og de udfriede Farel af fængslet om natten og lod ham ned over muren i en kurv. Andre, som ventede paa ham, hastede afsted med ham til et sted, hvor han var uden fare. Han kunde ikke længere arbejde offentlig, men han rejste til dalene og landsbyerne og prædikede i folks huse og paa afsides liggende egne, og han fandt tilflugt i skovene og bland bjergenes huler, hvor han var bekjendt fra sin barndom. Gud forberedte ham for større prøvelser. "Kors, forfølgelse og snarer, hvori satan søgte at fange mig, hvilket jeg siden fik underretning om, manglede ikke", siger han. "Der var saa meget af dette, at jeg umuligt kunde have baaret i min egen styrke, men Gud er min fader. Han har givet mig og vil altid give mig al den styrke, jeg behøver."