Medens Kalvin gjennemgik denne kamp, hændte det sig en dag, at han besøgte et af byens torve, hvor et menneskeskare netop var forsamlet for at være vidne til, at en kjætter blev brændt. Kalvin blev forbauset over det udtryk af fred, som hvilede over martyrens aasyn. Midt under al den smerte, som denne forfærdelige død medførte, og under kirkens endnu forfærdeligere forbandelser, viste han en tro og et mod, som forundrede den unge student, idet han sammenlignede den med sin egen fortvivelse og sit mørke, paa samme tid som han viste den strengeste lydighed mod kirken. Han vidste, at kjætterne grundede sin tro paa bibelen. Han besluttede derfor at granske den og om muligt opdage den hemmelige kilde til deres glæde.