Farel begyndte sit arbejde i Schweiz som en simpel skolelærer. Han drog til et afsides liggende sogn og hengav sig til at undervise børnene. Foruden de almindelige undervisningsgrene indførte han forsigtig bibelens sandheder, og han haabede igjennem børnene at kunne oplyse forældrene. Der var nogle, som troede, men præsterne lagde sig imellem og stansede værket, og de overtroiske bønner blev overtalte til at modstaa det. "Dette kan ikke være Kristi evangelium," paastod præsterne, "eftersom dets prædiken ikke bringer fred, men strid." Farel gjorde ligesom de første disciple, naar han blev forfulgt i en stad, flyede han til en anden. Han gik til fods fra by til by, fra stad til stad og led hunger, kulde og træthed, medens hans liv overalt var i fare. Han prædikede paa torvene, i kirkerne og undertiden fra domkirkens prædikestol. Undertiden blev hans prædiken afbrudt af raab og spot. Til andre tider blev han slæbt ned af prædikestolen med vold. Undertiden var der ingen tilhørere i kirkerne. Flere gang anfaldt pøbelen ham og slog ham, til han var næsten død. Men han vedblev alligevel at trænge fremad. Omendskjønt han ofte blev stødt tilbage, saa angreb han paany med utrættelig standhaftighed, og han saa at stæder og byer, som havde været faste tilholdssteder for pavedømmet, en efter en aabnede sine døre for evangeliet. Det lille sogn, hvor han først havde arbejdet, antog den reformerte tro. Stæderne Murten og Neuschatel forkastede ogsaa de romerske ceremonier.