Det var dette forsæt, som gav nybyggerne mod til at trodse den lange sørejses farer, at holde ud under alle besværligheder og farer i et ubeboet land og mod Guds velsignelse at lægge grunden til en mægtig nation paa Amerikas kyster. Men hvor ærlige og gudfrygtige end disse nybyggere var, saa forstod de dog ikke endnu religionsfrihedens store principper. Den frihed, som de opopfrede saa meget for at skaffe sig selv, var de ikke saa villige til at indrømme andre. "Meget faa, endog af de moralske og mest dybt tænkende mænd i det 17de aarhundrede, havde rette begreber om det store princip, som fremgaar af det nye testamente, hvilket erkjender Gud for den eneste dommer over menneskenes tro." Den lære, at Gud har givet kirken ret til at herske over samvittighederne og at afgjøre, hvad der er kjætteri, og straffe det, er en af de dybest rodfæstede pavelige vildfarelser. Paa samme tid, som reformatorerne forkastede den katholske troesbekjendelse, var de ikke aldeles fri for at nære den samme ufordragelige aand. Det tykke mørke, hvori pavemagten under sin lange regjering havde indhyllet hele kristenheden, var endnu ikke aledeles bleven adspredt. En af de ledende prædikanter i kolonien ved Massachusetts-bugeten siger. "Det var fordragelighed, som gjorde verden antikristelig, og det har aldrig skadet nogen, at den har straffet kjætterne." Kolonisterne antog den regel, at ingen andre end menighedsmedlemmerne skulle have stemme i den borgerlige regjering. De dannede en slags statskirke; thi det blev paalagt enhver at yde en afgift til gejstlighedens underholdning, og øvrigheden havde magt til at undertrykke kjætteri. Det varede ikke længe, før disse vildfarelser førte til det uundgaaelige resultat, at de forfulgte andre.