Omendskjønt Gaussen var en af de mest fremstaaende og afholdte prædikanter, som talede det granske sprog, blev h an dog efter nogen tid afsat fra sit præsteembede. Den fornemste beskyldning, man fremførte imod ham, var, at han havde benyttet bibelen til at undervise ungdommen i stedet for kirkens katekismus, en tom og rationel haandbog, som savnede næsten al undervisning om levende tro. Han blev siden lærer i en theologisk skole og fortsatte om søndagen sin virksomhed med at katekisere børnene og undervise dem i den hellige skrift. hans værker om profetierne vakte ogsaa megen interesse Gjennem sin virksomhed som professor, gjennem pressen og ved sin yndlilngsbeskjæftigelse som lærer for børnene vedblev han i mange aar at udøve en stor indflydelse og blev et redskab til at henvende manges opmærksomhed paa granskningen af de profetier, som viste, at Herrens komme var nær.