Urolighed, strid og blodsudgydelser vedblev. Fremmede hære drog atter ind i Böhmen, og indvortes strid blev at forstyrre nationen. De, som holdt fast ved evangeliet, blev gjenstand for en blodig forfølgelse. De blev tvungne til at søge tilflugt i skove og bjerge og at bo i jordens huler. De vedblev at samles for at læse i bibelen og deltage med hverandre i gudsdyrkelse. Deres tro og mod blev styrket, da de gjennem hemmelige sendebud fik at vide, at der i andre lande, adspredte her og der, var venner, som elskede de samme sandheder. Faste i troen vaagede og ventede de i haab om bedre dage. Efter nogen tid hørte forfølgelserne op, og deres antale blev forøget af troende, som kom til. Ved begyndelsen af det sekstende aarhundrede var der mange menigheder i Böhmen, som bød reformationen velkommen.