Det var en ensom egn, der hvor han fandt sit hjem, midt ude i golde bjerge, vilde slugter og klippehuler. Men han havde valgt at give afkald på livets fornøjelser og bekvemmeligheder til fordel for ødemarkens barske disciplin. Her var omgivelserne ideelle til enkel levevis og selvfornægtelse. Uforstyrret af verdens larm kunne han her studere lærdommene om naturen, åbenbaring og forsyn. Englens ord til Zakarias var ofte blevet gentaget for Johannes af hans gudfrygtige forældre. Helt fra barndommen var hans mission blevet holdt ham for øje, og han havde taget imod dette hellige hverv. For ham var ensomheden i ørkenen en velkommen anledning til at undgå et samfund, hvor mistænksomhed, vantro og urenhed prægede næsten alt. Han stolede ikke på sin egen kraft til at kunne modstå fristelser, og han veg tilbage for bestandig kontakt med synden for ikke at miste fornemmelsen af dens overvældende syndighed.