Johannes valgte ørknen til sin skole. Her blev naturens store bog opladt med sin uudtømmelige og mangesidige undervisning. Hans betragtning af naturen øvede og dannede hans sjæl. Eftersom han daglig så Guds gerning i skabelsen, fik han en klarere forestilling om Skaberens visdom, retfærdighed og godhed. Her blev han også bekendt med fædrenes og profeternes lære og fik kundskab om Guds karakter og fordringer af den hellige skrift. Idet han søgte nåde hos Gud, hvilede den Helligånd over ham og optændte i hans hjerte en brændende nidkærhed for at lede folket til omvendelse og føre dem til et højere og ædlere liv. Ved de besværligheder, som han udholdt i dette afsondrede liv, blev han skikket til at styre alle sine legemlige og åndelige kræfter, så at han kunne træde frem blandt folket uden at lade sig bevæge hid og did af omstændighederne og stå fast ligesom højene og bjergene i ørknen, hvor han var opvokset.