Det var Johannes valg at opgive bylivets nydelser og luksus frem for ørknens (446) hårde disciplin. Her var hans omgivelser gode for enkelthedens og selvfornægtelsens levevaner. Uafbrudt af verdens skrig, kunne han her studere naturens lektier, åbenbaring og forsyn. Englens ord til Zakaris er ofte blevet gentaget af hans gudfrygtige forældre. Fra barndommen af blev hans missions fremholdt for ham, og han accepterede den hellige tillid. For ham var den øde ørken et velkomment tilflugtssted fra samfundet, hvori onde tanker, vantro og urenhed var næsten helt gennemtrængende. Han havde ikke tillid til sin egen kraft til at modstå fristelse og undveg at hele tiden komme i kontakt med synd, for at han ikke skulle miste fornemmelse af dens overmådelige syndighed.