Da Tausen kom tilbake til Danmark, oppsøkte han sitt gamle kloster. Ennå var det ingen som mistenkte ham for å være lutheraner. Han røpet ikke sin hemmelighet, men uten å vekke fordom hos sine klosterbrødre prøvde han å lede dem til en renere tro og et helligere liv. Han leste og forklarte Bibelen for dem, og til sist forkynte han Kristus som synderes rettferdighet og eneste frelseshåp. Prioren ble svært opprørt, for han hadde hatt store forhåpninger om at Tausen skulle bli en ivrig forkjemper for romerkirken. Han ble straks flyttet fra sitt eget kloster til et annet og sperret inne i en celle under streng overvåkning.