Det ble veldig røre i Praha. Mange av innbyggerne ga Hus skylden for alle ulykkene som hadde rammet dem og krevde at han skulle utleveres til romerkirkens hevn. For å dempe motstanden reiste han midlertidig tilbake til sin fødeby. Til sine venner som ble igjen i Praha, skrev han: «Når jeg har trukket meg tilbake, følger jeg Jesu Kristi befaling og eksempel. Så får ondsinnede mennesker ikke noen anledning til å pådra seg evig fordømmelse, og jeg blir ikke årsak til at de fromme blir forfulgt. En annen grunn er frykten for at ugudelige prester i lengre tid kunne forby at Guds Ord ble forkynt blant dere. Men jeg har ikke forlatt dere for å fornekte sannheten som jeg er villig til å dø for, om Gud så vil.» – Bonnechose, The Reformers Before the Reformation, vol.1, s.87.