I virkeligheten fryktet katolikkene i Frankrike ham mer enn Luther. De fengslet ham fordi de mente han var kjetter, men kongen sørget for at han ble løslatt. Denne striden fortsatte i årevis. Frans 1. som vaklet mellom romerkirken og reformasjonen, skiftet mellom å tolerere og motarbeide munkenes voldsomme iver. Tre ganger ble Berquin fengslet på initiativ av de pavelige myndighetene, men hver gang sørget kongen for å sette ham fri. Kongen beundret hans begavelse og rettskaffenhet og nektet å la ham bli offer for geistlighetens ondskap.