Men etter hvert som faren økte, ble Berquin bare mer og mer ivrig. I stedet for å følge de taktiske og selviske rådene fra Erasmus, bestemte han seg for å gå enda dristigere til verks. Han ville ikke bare forsvare sannheten, men angripe villfarelsen. Kjetterstemplet som pavens tilhengere prøvde å sette på ham, ville han nagle fast på dem. Hans ivrigste og bitreste motstandere var de lærde professorene og munkene ved Parisuniversitetets teologiske fakultet, en av de høyeste teologiske autoritetene i landet. Fra deres skrifter plukket han ut tolv lærepunkter som han offentlig erklærte var «ubibelske og kjetterske», og han oppfordret kongen til å dømme i striden.