Dersom kirkens autoritet var rettferdig og ufeilbar som han trodde den var, hvorfor følte han seg så tvunget til å sette seg opp mot den? Han visste at det ville være synd å adlyde kirken. Men hvordan kunne lydighet mot en ufeilbar kirke skape slike problemer? Dette var en gåte for ham, og tvilen pinte ham hver time på dagen. Det beste svaret han kunne finne, var at situasjonen som den hadde vært på Jesu tid, hadde gjentatt seg idet prestene var blitt ugudelige og brukte sin lovlige myndighet til noe som var ulovlig. Dette førte til at han både for sin egen del og i sin forkynnelse hevdet prinsippet om at Skriften slik vi oppfatter den med forstanden, skal veilede samvittigheten. Med andre ord at den eneste ufeilbare veileder er Guds tale gjennom Bibelen, ikke kirkens tale gjennom presteskapet.» – Wylie, b.3, kap.2.