Da Knox ble framstilt for dronning Mary av Skottland som hadde fått mang en protestantisk leder til å miste motet, avla han et usvikelig vitnesbyrd for sannheten. Han ga ikke etter for smiger og lot seg ikke skremme av trusler. Dronningen anklaget ham for kjetteri. Han hadde lært folk en religion som staten hadde forbudt, erklærte hun, og på den måten hadde han brutt Guds bud som pålegger borgerne å lyde fyrstene. Knox svarte bestemt: «Fordi sann religion ikke får sin opprinnelige kraft og autoritet fra jordiske herskere, men bare fra den evige Gud, er borgerne ikke forpliktet til å tilpasse sin gudsdyrkelse etter fyrstenes ønske. For ofte er det fyrstene som vet minst om Guds sanne religion. Dersom Abrahams etterkommere hadde tatt imot faraos religion fordi de hadde vært undersåttene hans i så lang tid, så spør jeg Dem, Frue, hvad slags religion ville vi så hatt i verden? Eller hva slags religion ville vi hatt i dag dersom alle på apostlenes tid hadde godtatt keiserens religion? Dette, ærede Frue, bør vise Dem at borgerne ikke er bundet til fyrstenes religion selv om de er pålagt å vise dem lydighet.» Dronningen svarte tilbake: «De tolker Skriften på en måte og de katolske lærere tolker den på en annen måte. Hvem skal jeg tro på, og hvem skal avgjøre hva som er rett?»