I gudstjenesten var det fremdeles store avvikelser fra det rene og enkle evangelium, og man hadde enda ikke fått øynene opp for betydningen av religionsfrihet. Selv om de protestantiske fyrstene sjelden foretok slike grusomheter som romerkirken gjorde bruk av overfor kjettere, anerkjente de likevel ikke den enkeltes rett til å dyrke Gud etter sin egen samvittighet. Alle skulle godta statskirkens læresetninger og gudstjeneste-former. Dissentere ble i mer eller mindre grad forfulgt i flere hundre år.