Selv om han ikke lenger kunne arbeide offentlig, dro han over slettene og gjennom landsbyene og forkynte i private hjem og på øde steder. Han søkte ly i skogene og i fjellhulene som han kjente fra guttedagene. Gud forberedte ham på enda større prøver. «Vanskelighetene, forfølgelsen og snarene fra Satan som jeg ble varslet om, har ikke uteblitt», sa han. «De er til og med langt verre enn jeg ville kunne bære alene. Men Gud er min Far som alltid har gitt meg og alltid vil gi meg den styrken jeg trenger.» – D´Aubigné, History of the Reformation of the Sixteenth Century, b.12, kap.9.