Den sjelekvalen som Luther tidligere hadde opplevd i Erfurt, tynget ham nå med dobbel styrke idet han så resultatet av svermeriet som reformasjonen fikk skylden for. De katolske fyrstene kunngjorde at opprøret var et resultat av Luthers lære, og mange erklærte seg enig. Selv om denne anklagen var grunnløs, var det ikke til å unngå at Luther tok seg nær av det. At sannhetens sak skulle bli vanæret og likestilt med den mest primitive form for fanatisme, var nesten mer enn han kunne klare.