Også i Sveits så det mørkt ut for reformasjonen. Selv om mange distrikter tok imot den reformerte troen, holdt andre blindt og ubøyelig på romerkirkens lære. Forfølgelsen av dem som ville ta imot sannheten, resulterte i borgerkrig. Zwingli og mange som hadde sluttet seg til ham, falt på den blodige slagmarken ved Kappel. Disse store ulykkene gikk hardt inn på Oecolampadius, og han døde kort tid etter.