«Jeg er ikke interessert i den nye læren din», svarte Calvin. «Tror du jeg har levd i villfarelse hele mitt liv?» – Wylie, b.13, kap.7. Men nå var det vakt tanker til live i hans sinn som han ikke kunne bli kvitt. Da han ble alene på rommet sitt, tenkte han på hva fetteren hadde sagt. Han ble mer og mer klar over at han var en synder, og han så seg selv foran en hellig og rettferdig dommer, uten noen til å tale hans sak. Helgenenes bønner, kirkens seremonier og hans egne gode gjerninger hadde ikke kraft til å sone for synd. Han kunne ikke se annet enn evig mørke og fortvilelse. Forgjeves prøvde kirkens forelesere å lindre hans sjelenød. Skriftemål og botsøvelser var til ingen nytte. Ikke noe av dette kunne forsone ham med Gud.