Hver gang kirken har fått verdslig makt, har den brukt den til å straffe dem som vek av fra dens lære. Protestantiske kirkesamfunn som fulgte romerkirkens eksempel og allierte seg med verdslige makter, har vist den samme tendensen til å begrense trosfriheten. Et eksempel på dette er den engelske kirkes langvarige forfølgelse av dissentere. På 1500- og 1600-tallet ble tusener av frikirkelige predikanter tvunget til å forlate menighetene sine, og mange, både prester og legfolk, ble dømt til bøter, fengsel, tortur og martyrdød.