Calvin var fremdeles i Paris. Han studerte, mediterte og ba for å forberede seg for sin framtidige virksomhet, og han fortsatte å spre lyset. Men til sist ble mistanken rettet mot ham, og myndighetene besluttet å la ham dø på bålet. Han følte seg trygg i sin ensomhet og ante fred og ingen fare da noen venner kom farende inn på rommet hans og fortalte at embetsmenn var på vei for å arrestere ham. I samme øyeblikk dundret det på ytterdøren. Det var ingen tid å miste. Noen av vennene til Calvin oppholdt lovens håndhevere ved døren mens andre hjalp ham med å komme seg ut gjennom et vindu. Han skyndte seg til utkanten av byen hvor han søkte tilflukt i en hytte hos en av reformasjonens venner. Her kledde han seg ut i vertens arbeidstøy, tok en hakke på skulderen og dro avsted. Han tok veien sørover og fant et fristed i den delen av landet der Margrete regjerte. – D´Aubigné, History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, b.2, kap.30.