Farel hadde lenge ønsket å plante protestantismens fane i Genève. Hvis denne byen ble vunnet, ville den bli midtpunktet for reformasjonen i Frankrike, Sveits og Italia. Med dette i tanke fortsatte han arbeidet og vant etter hvert mange av byene og landsbyene i nærheten. Sammen med en venn dro han deretter til Genève, men han fikk bare holde to prekener der. Prestene hadde forgjeves forsøkt å få myndighetene til å forvise ham, og nå stevnet de ham for et geistlig råd dit de kom med våpen under prestekjolen, fast bestemt på å ta livet av ham. Utenfor hadde det samlet seg en rasende folkemengde med køller og sverd, klare til å drepe ham om det skulle lykkes ham å flykte fra rådet. Men han ble reddet fordi noen øvrighetspersoner og væpnet politi var tilstede. Tidlig neste morgen ble han og vennen hans ført over sjøen til et trygt sted. Slik endte hans første forsøk på å forkynne evangeliet i Genève.