Det er ikke som menighet, men som enkeltpersoner at mennesker blir omvendt til Gud. Gjenfødelsen må foregå i hjertet ved Den hellige ånds kraft, ikke ved konsilvedtak. Innbyggerne i Genève hadde nok gjort seg fri fra romerkirkens myndighet, men de var ikke like villige til å utrydde de lastene som hadde florert under dens regime. Derfor var det ingen lett oppgave å innføre evangeliets rene prinsipper eller forberede folk til å kunne fylle den plassen som Gud åpenbart hadde kalt dem til.