Farel var sikker på at han i Calvin hadde funnet en mann han kunne samarbeide med om denne oppgaven. I Guds navn ba han den unge evangelisten om å bli der og arbeide. Calvin trakk seg forskrekket tilbake. Som den beskjedne fredens mann han var, vek han tilbake for den djerve, egenrådige, ja, voldsomme mentaliteten blant folk i Genève. Den dårlige helsen hans og ønsket om å bruke tiden til forskning gjorde at han foretrakk å leve mer ubemerket. Han mente at han kunne tjene reformasjonens sak best med pennen, og derfor ønsket han å finne et fredelig sted der han kunne studere og bygge opp menigheten gjennom det trykte ord. Men Farels alvorlige henstilling kom som et kall fra himmelen, og han turde ikke avslå. Han sa at det var «som om Gud hadde rakt sin hånd ned fra himmelen og grepet ham og holdt ham fast på den plassen han var så ivrig etter å forlate.» – S´Aubigné, History of the Reformation in Europe in the Time of Calvin, b.9, kap.17.