I nesten 30 år arbeidet Calvin i Genève, først for å opprette en menighet som holdt fast på Bibelens morallære, senere for å fremme reformasjonen i hele Europa. Hans lederskap var ikke uten feil, og hans lære var heller ikke fri for villfarelser. Likevel bidro han til å utbre læresetninger som på den tiden var av særlig stor betydning når det gjaldt å bevare protestantismen mot det økende presset fra katolisismen. De var også med til å fremme en enkel og ren livsstil i de reformerte menighetene i stedet for den stoltheten og korrupsjonen som romerkirkens lære fostret.