Folk som hadde begynt å frigjøre seg fra pavedømmets åk, viste nå uvilje også mot statsmakten. Münzers revolusjonære ideer, som angivelig var fra Gud, fikk dem til å frigjøre seg fra all myndighet, og de lot fordommer og lidenskaper få fritt løp. Det førte til de frykteligste utslag av oppvigleri og strid, og Tysklands jord ble gjennomtrukket av blod. Den smerte og kval som Luther tidligere hadde opplevd i Erfurt, tynget ham nå med dobbel styrke da han så følgene av svermeriet som reformasjonen fikk skylden for. De katolske fyrstene kunngjorde at opprøret var et resultat av Luthers lære, og mange erklærte seg enig. Selv om denne anklagen var grunnløs, var det ikke til å unngå at han tok seg nær av det. At sannhetens sak skulle bli vanæret og likestilt med den mest primitive form for fanatisme, var nesten mer enn han kunne ta.