Det brøt ut borgerkrig, protestantismens sak ble forrådt av en av dens fremste ledere, og de edleste blant de reformerte fyrster falt i keiserens hender og ble slept som fanger fra by til by. Men keiseren led nederlag nettopp som seieren syntes sikker. Han så at byttet ble revet ut av hendene hans, og til sist ble han tvunget til å tolerere de læresetninger han hadde satt seg som mål å utrydde.